Op 22 september trad president Mbeki voortijdig af na druk vanuit de ANC-partij, omdat hij Jacob Zuma in 2005 wegens diens betrokkenheid bij een corruptieschandaal had ontslagen. Dit was niet naar de zin van de ANC-partijleiding. Tien ministers en Vice-President Phumzile dienden uit protest hun ontslag in, uit solidariteit met Mbeki, die tijdelijk werd opgevolgd door Kgalema Motlanthe (*1949), die weer goed bevriend was met Zuma (25 september). De positie van politiebaas Jackie Selebi was onderwijl onhoudbaar geworden. Op 12 januari werd hij geschorst als hoogste politiechef vanwege de aanklacht die tegen hem werd uitgevaardigd. De volgende dag trad hij ook af als baas van Interpol. Onder leiding van Mosiuoa Lekota (*1948) keerde een aantal ANC-leden uit onvrede met de gang van zaken rond het aftreden van Mbeki de partij de rug toe. In december stichtten zij een nieuwe partij, de COPE (Congress of the People).~~~ In januari begon een golf van geweld tegen immigranten gericht. In de Oost-Kaapprovincie werden enkele Somalische winkeliers vermoord, in maart moesten even buiten Pretoria zeven buitenlanders (Zimbabweanen, Pakistanis en een Somaliër) het ontgelden. Tijdens de laatste twee weken van mei laaide het geweld op (62 doden, bijna 700 gewonden). Het begon bij Johannesburg en de Oostrand, spreidde zich uit naar Durban en bereikte al snel de West-Kaapprovincie. De slachtoffers waren afkomstig uit onder andere Zimbabwe, Mozambique en Somalië.~~~ De luchtmacht nam het eerste Zweedse SAAB Gripen jachtvliegtuig in ontvangst, de eerste van een bestelling van 26 toestellen, waarvan de levering tot 2012 zou duren.
Toelichting