Op 9 september riep Tadzjikistan de onafhankelijkheid uit. Het was de kleinste van de Centraal-Aziatische of Transkaspische republieken, met 143.000 km2, en een bevolking van 5,3 miljoen. Op 24 november werd Rachman Nabiyev (1930-1993) met 58% van de stemmen tot president gekozen.
In augustus braken gevechten uit tussen communisten en fundamentalistische moslims, waarbij bijna 200 mensen werden gedood. Op 31 augustus drongen de moslims in het presidentiële paleis door en dwongen president Nabiyev tot aftreden. Akbarsjo Iskanderov, de voorzitter van het parlement werd interim-president. In september sloeg de strijd over naar het zuiden en ontaardde in een burgeroorlog, waarbij meer dan duizend doden vielen. Ook in Doesjanbé werd hard gevochten. Het land dreigde uiteen te vallen (in april had de streek Gorno-Badachsjan zich al autonoom verklaard). Rusland stuurde een vredesmacht om de orde te herstellen; Iskanderov vroeg hulp aan de VN. Na het aftreden van Iskanderov werd Imamali Rachmonov (*1952) op 19 november gekozen tot voorzitter van het parlement. Een week later werd een wapenstilstand gesloten. De ex-communisten veroverden op 14 december Doesjanbé en dreven 50.000 moslim-fundamentalisten over de grens naar Afghanistan. Velen werden vermoord. De macht van de centrale regering was grotendeels hersteld.
Vanuit hun steunpunten in Afghanistan gingen de verdreven Tadzjiekse moslim-fundamentalisten door met de strijd tegen de ex-communisten. Ongeveer 25.000 man troepen van de GOS (merendeels Russen maar ook Oezbeken, Kazachen en Kirgiezen) werden langs de 1000 km. lange grens met Afghanistan gestationeerd. Binnen korte tijd, van augustus tot october werden de fundamentalisten verslagen. De Russische luchtmacht bombardeerde bases in Afghanistan van Tadzjieken en hun Afghaanse bondgenoten.~~~ Op 17 juni werden alle oppositiepartijen verboden.
Op 6 november werd Rachmonov met 58,3% van de stemmen tot president gekozen. De fundamentalisten hadden geen kandidaat. In maart werd vice-premier Mohonsjo Nazarsjojev, een Sjiïet, op klaarlichte dag door onbekenden vermoord.~~~ De burgeroorlog had sinds 1991 al meer dan 40.000 doden gekost. Er waren bijna een miljoen vluchtelingen. De economie was er zeer slecht aan toe: de industrie was verwoest en de infrastructuur was in elkaar gestort. Door voortdurende misoogsten heerste voedselgebrek in de hoofdstad Doesjanbé. Rusland beloofde voedselhulp en Oezbekistan beloofde goedkope aardolie te leveren. Na onderhandelingen met de fundamentalisten over een oplossing werd op 17 september een wapenstilstand gesloten onder toezicht van de VN.
In januari laaide de burgeroorlog weer op met aanvallen van de fundamentalistische moslims. Op 26 april kwam een staakt-het-vuren tot stand. President Rachmonov had een gesprek met rebellenleider Said Abdoella Noeri van de VTO ("Verenigde Tadzjiekse Oppositie") in de Afghaanse hoofdstad Kaboel (17 mei).~~~ Met 84% deelneming waren de parlementsverkiezingen een succes (februari/maart). De communisten wonnen een derde van de zetels (60 van de 181).~~~ De Russische Roebel werd vervangen door de Tadzjikistan-Roebel.
1996
In december bereikte president Rachmonov met rebellenleider Noeri een accoord over een wapenstilstand in de slepende burgeroorlog. Deze overeenkomst volgde op maandenlange hevige gevechten in het noorden van Afghanistan Ook de Russische luchtmacht steunde de Tadzjiekse regering, door bombardementen op stellingen van de fundamentalisten in Tavil Dara.~~~ Op 24 januari werden de Moefti en zijn gezin vermoord.
Op 9 juni ontketenden moslim-fundamentalisten een grootscheeps offensief vanuit Noord-Afghanistan. Ze werden tegengehouden door de langs de grens gelegerde Russische troepen en leden zware verliezen (een kwart van hun manschappen). Op 27 juni tekenden president Rachmonov en rebellenleider Noeri in Moskou een vredesverdrag, waarmee een einde kwam aan een burgeroorlog, die aan bijna 100.000 mensen het leven had gekost. De soldaten van de VTO werden geïntegreerd in de reguliere Tadzjiekse strijdkrachten. Verder werd een derde van alle overheidsposten gereserveerd voor leden van de moslim-oppositie. Op 10 juli werd een algemene amnestie afgekondigd.~~~ Op 30 april raakte Rachmonov gewond bij een moordaanslag.
In februari benoemde president Rachmonov de uit ballingschap teruggekeerde Tadzjiekse moslimleider Ali Akbar Toeradzjonsoda tot vice-premier.~~~ Op 4 november werd de stad Chodjent aangevallen door guerillastrijders van Kolonel Mahmoed Choedoberdjev.
Met Kazachstan, Kirgistan, Rusland en China sloot Tadzjikistan een verdrag ter bestrijding van de sterk groeiende drugshandel en wapensmokkel, en het moslim-fundamentalisme. (25 augustus).~~~ in een referendum stemde de meerderheid van de kiezers in met een verlenging van de termijn van de president tot zeven jaar, het einde van het verbod op godsdienstige partijen en de inrichting van een lagerhuis (26 september). President Rachmonov werd op 6 november met overgrote stemmenmeerderheid voor zeven jaar herkozen. De president werd ook benoemd tot Held van Tadzjikistan.