De status van Nagorno- Karabach leidde tot een openlijke oorlog met Armenië, nadat de nog in het gebied gelegerde troepen van het GOS waren weggetrokken. De blokkade van de opstandige streek door Azerbeidzjan bracht de plaatselijke bevolking in ernstige nood. Dankzij Armeense successen in mei (verovering van de steden Sjoesja en Latsjin) kwam een corridor tot stand met Armenië. In mei braken gevechten uit in de Azerbeidzjaanse exclave Nachitsjewan (5500 km2, 300.000 inwoners). Ongeveer een tiende van de plaatselijke bevolking was op de vlucht geslagen.~~~ Ook in Azerbeidzjan werd de communistische economie stelselmatig afgebroken. De eerste maatregel was de afschaffing van loon- en prijscontroles.~~~ Het parlement dwong President Ajas Moetalibof tot aftreden in maart, maar herkoos hem twee maanden later, om hem meteen daarna te vervangen door Issa Gambarof van het Volksfront. Bij de verkiezingen van 7 juni won de pro-Turkse Abdoelfas Eltsjibey, leider van het Volksfront, met 59% van de stemmen. In december besloot de nationale vergadering het Turks als officiële taal in het land te erkennen. Daarmee werd ook het cyrillische door het Latijnse alfabet vervangen. De inflatie beliep 1100%.
In de zomer viel het land weer ten prooi aan een ernstige regeringscrisis. De positie van de President Eltsjibey werd onhoudbaar, mede door de slechte gang van zaken in de oorlog om Nagorno-Karabach. Op 18 juni vluchtte de president naar Nachitsjevan, maar trad niet af. Een week later zette de nationale raad hem af en benoemde in zijn plaats Gaidar Alijef tot president. (Alijef was voorzitter van het parlement van Nachitsjevan, vroeger baas van de plaatselijke Communistische Partij en tevens voormalig lid van het politbureau in Moskou.) De presidentsverkiezingen van 3 oktober werden door Alijef met 98,8% van de stemmen gewonnen. Het volksfront, de partij van de afgezette president Eltsjibey, had opgeroepen tot een boycot van de verkiezingen. Met de komst van een nieuwe sterke man in het land kwam een einde aan de speciale banden tussen Turkije en Azerbeidzjan. In plaats daarvan zocht Azerbeidzjan toenadering tot Rusland en Iran.
In december werd de grens met Rusland gesloten nadat Russische troepen Tsjetsjenië waren binnengevallen. Op 2 oktober bestormden troepen van de OPON, een speciale elite-eenheid het kantoor van de Procureur-generaal en namen deze in gijzeling om de vrijlating van drie gevangen collega's af te dwingen. Op 4 oktober werd in Gandsja een groep rebellen verslagen die Minister President Soerat Hoesseinof ondersteunde, de rivaal van Alijef. Hoesseinof werd prompt ontslagen.~~~ President Alijef sloot verdragen van vriendschap en samenwerking met Turkije en Engeland.~~~ Op 1 januari werd de nieuwe munt, de Manat, ingevoerd. Een internationaal consortium van oliemaatschappijen (waaronder 7 westerse met een gezamenlijk aandeel van 70%), tekende een overeenkomst voor de ontsluiting en exploitatie van drie olievelden in de Kaspische Zee. Er zou zeker 7,7 miljard dollar worden geïnvesteerd. De inflatie over het jaar was bijna 1600%.
1996
President Gaidar Alijef versterkte zijn machtspositie met alle mogelijke middelen. In het parlement werd de oppositie monddood gemaakt. In februari en maart werden drie hoge ambtenaren ter dood veroordeeld wegens een poging het bewind ten val te brengen en Alijef te vermoorden. Tientallen anderen werden wegens soortgelijke aanklachten veroordeeld.~~~ In juni werd een verdrag voor militaire samenwerking met Turkije ondertekend. Met de Oekraïne en Georgië werd ook een samenwerking begonnen om de Russische invloed te neutraliseren.
Het regime van president Alijef bleef tegenstanders met alle middelen vervolgen. Op 1 augustus sloten vier grote Amerikaanse oliemaatschappijen en de staatsoliemaatschappij SOCCAR een contract voor de ontwikkeling van olievelden in de Kaspische Zee. Op 12 november werd de deels nieuwe en deels gemoderniseerde oliepijplijn van Bakoe door Dagestan en Tsjetsjenië naar de Russische Zwarte Zeehaven Novorossiisk plechtig in gebruik genomen. Daarmee werd olie uit de Kaspische Zee naar de Zwarte Zee vervoerd.~~~ Economisch ging het een stuk beter dan voorheen. De groei bedroeg 5,7% en de inflatie werd teruggebracht tot 7%.